1874–78 dailės mokėsi Vilniaus piešimo mokykloje, fotografijos – A. V. Strauso ateljė. 1884 Vilniuje su kitais įsteigė fotoateljė (1892–1915 jos savininkas), 1904 – pirmąją cinkografijos įmonę. 1897, 1899 dalyvavo dailės parodose, 1909–13 – Vilniaus dailės draugijos parodose (nuo 1908 draugijos narys). Tapė aliejumi, akvarele, tempera (Ganykloje 1874, Keleivis prie vartų 1900, Stiklių gatvė 1910, Belmonto peizažas, Koridorius Bernardinų bažnyčioje, Vilniaus kiemas žiemą 1914).

Fotografavo Vilniaus gatves ir priemiesčius, turgus, muges (Šv. Kazimiero mugė Lukiškių aikštėje 1900–10), architektūros paminklus, gyventojų tipus. Sukūrė Vilniaus Kalvarijų fotografijų ciklą (iliustravo E. Jeleńskos knygą Vilniaus Kalvarijos / Kalwarya pod Wilnem 1903), portretų (M. K. Čiurlionio, 1908, Autoportretas apie 1910); fotografijas kartais spalvino akvarele. Padarė erdvinių fotografijų (apie 1900–10). Kūrė vadinamųjų gyvųjų paveikslų inscenizacijas, dekoravo sales. Prisidėjo prie kultūros istorijos darbų: fotografavo Vilniaus archeologijos komisijos senienų muziejaus eksponatus, sakralinės dailės kūrinius, archeologinius radinius. Fotografijomis iliustravo W. Zahorskio Vilniaus katedra (1904, lenkų k.), P. Weberio Vilnius – užmirštas meno miestas (Wilna, eine vergessene Kunststadt 1917), piešiniais – periodinį leidinį Kartki satyryczno-humorystyczne (4 sąs., 1881–82; pasirašinėjo slap. Filiberti, V. Letuvis, Pycz).

Jo fotografijos publikuotos fotoalbumuose: Žvilgsnis į Vilnių: Vilniaus fotografija 1839–1939 (Spójrzenia na Wilno: Fotografia wileńska 1839–1939 1999), Vilniaus fotografija, 1858–1915 (2001); išleistas fotografijų albumas Stanisław Filibert Fleury: 1858–1915: Fotografijos / Photographs (2007). 1996, 2001 Vilniuje surengtos S. F. Fleury fotografijos parodos. Kūrinių turi Lietuvos nacionalinis dailės muziejus, Lietuvos mokslų akademijos biblioteka, Lietuvos nacionalinis muziejus, Nacionalinis M. K. Čiurlionio dailės muziejus ir kiti Lietuvos muziejai bei archyvai, Gdansko nacionalinis muziejus ir kiti Lenkijos muziejai. Imperatoriškosios Sankt Peterburgo dailės akademijos sidabro medalis, Sankt Peterburgo fotografų draugijos sidabro medalis (1899).