Pirmasis jėzuitas Lietuvos sostinę Vilnių pasiekė dar 1555 m. spalio 28 dieną. Tačiau senas Ignaco Lojolos bendražygis ispanas Alfonsas Salmeronas čia neištvėrė nė dviejų mėnesių ir netrukus savo bičiuliui ir vyresniajam pranešė: „durys, į kurias beldžiame, pernelyg stipriai uždarytos, kad būtų galima pasiekti kokių nors vaisių“.
Svarbiausia tėvo Salmerono pesimizmo priežastis buvo kritiška Katalikų Bažnyčios būklė Reformacijos apimtoje Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje. Tačiau atsiradus dosniam rėmėjui, Vilniaus vyskupui Valerijonui Protasevičiui, padėtis pasikeitė iš esmės ir nepaprastai greit: vos po 14 metų (1569) į Vilnių atvyko bei čia įsikūrė pirmoji keturių jėzuitų grupelė, po 15 metų (1570) buvo įkurta Vilniaus kolegija, o po 24 metų (1579) jai jau buvo suteiktos universiteto teisės. Taip prasidėjo vieno seniausių šiame Europos regione Vilniaus universiteto istorija. Jėzuitų sielovadinė ir edukacinė-kultūrinė veikla esmingai prisidėjo prie Kontrreformacijos pergalės Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje, taip pat nemaža dalimi nulėmė ir visos šalies istorijos tėkmę – taigi ir tai, kad šiandien Lietuva yra vyraujančios katalikiškos tradicijos kraštas.
1569 m. Lietuvoje apsistoję pirmieji 4 jėzuitai (čekas, olandas ir du lenkai), buvo Austrijos provincijos nariai. Vėliau, 1576 m., Vilniaus kolegijoje gyvenę jėzuitai priskirti naujai įkurtai Lenkijos provincijai. Jėzuitų skaičiui augant ir jų namams steigiantis įvairiose didžiulės Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės ir kaimyninių kraštų vietose, 1608 m. įsteigta Lietuvos provincija, kuriai tuo momentu priklausė 284 asmenys. Nuo tol šios provincijos narių tolydžio daugėjo (su kai kuriomis pauzėmis – pvz., 1710 m. didžiojo maro metu mirė net 110 provincijos narių), kol XVIII a. viduryje pasiekė 1149 asmenų skaičių. 1759 m. provinciją padalijus į dvi naujas provincijas – Mazovijos ir Lietuvos, naujojoje Lietuvos provincijoje liko tik 500 jėzuitų, tačiau jų skaičius vėl augo ir 1773 m. jau buvo perkopęs 600.
Tais metais popiežiui uždarius Jėzaus Draugiją visame pasaulyje, Lietuvos jėzuitų veikla nutrūko. Vis dėlto dalis provincijos narių ją tęsė Rusijos Imperijos 1772 m. aneksuotoje Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės dalyje – mat Rusijos imperatorė Kotryna II nesutiko savo valdose leisti paskelbti popiežiaus potvarkio, skelbiančio vienuolijos panaikinimą. Tokiu būdu jėzuitai (Lietuvos ir Mazovijos provincijų nariai) tęsė veiklą Rusijos Imperijoje ir išsaugojo vienuolijos tęstinumą per visą jos uždraudimo pasaulyje laikotarpį. Ilgainiui prie Rusijoje besidarbuojančių bičiulių prisijungė daugiau buvusių jėzuitų iš įvairių pasaulio šalių, netrūko ir naujų pašaukimų, bet veikiai viskas apsivertė aukštyn kojomis. 1814 m. popiežius Pijus VII oficialiai atnaujino vienuolijos veiklą visame pasaulyje. Rusijos jėzuitų vyresnysis Tadas Bžozovskis tapo visos Draugijos generaliniu vyresniuoju, tačiau netrukus (1820) į monarcho nemalonę patekę jėzuitai buvo išvyti iš Rusijos imperijos.
Jėzaus Draugija atnaujino savo veiklą tik po I pasaulinio karo 1918 m. nepriklausomybę atkūrusioje, tačiau plotu daug mažesnėje ir etniškai gan vienalytėje Lietuvos Respublikoje. Iš Vokietijos atvykusių pirmųjų jėzuitų (šalia jų darbavosi ir lietuvis tėvas Benediktas Andruška) veiklos centru nuo pat pradžių tapo laikinoji sostinė – Kaunas. Čia veikė prestižinė gimnazija, kiek vėliau, augant pašaukimų skaičiui, Šiauliuose įsteigta rezidencija, o Pagryžuvyje, šalia Tytuvėnų – naujokynas. Tuo pačiu metu veiklą Vilniuje, tuomet priklausiusiame Lenkijai, atnaujino ir lenkų jėzuitai, taip pat atgaivinę savo mokyklą (1939 m. Vilniui atitekus Lietuvos Respublikai, čionykščiai jėzuitai buvo subordinuoti Lietuvos provincijolo jurisdikcijai). Per Nepriklausomybės dvidešimtmetį jėzuitų skaičius vėl atkurtoje (1936) Lietuvos provincijoje pasiekė 86 narius.
II pasaulinis karas ir po jo nusileidusi geležinė uždanga negailestingai perskyrė Lietuvos jėzuitus. Dalis jų liko laisvajame pasaulyje ir darbavosi įvairiose šalyse bei miestuose (JAV, Kanadoje, Brazilijoje, Urugvajuje, Romoje…), vadovaujami savo vyresniojo, kuris neturėjo oficialaus provincijolo titulo. Nemaža likusiųjų Lietuvoje patyrė kalinio ir tremtinio dalią. Lageryje mirė pirmasis Lietuvos provincijolas Benediktas Andruška. Po II pasaulinio karo sovietų valdžiai uždraudus oficialią vienuolijų veiklą, jėzuitų gyvenimas Lietuvoje tęsėsi pogrindžio sąlygomis. Jis nenutrūko ir buvo vaisingas: naujų pašaukimų vis atsirasdavo, jėzuitai aktyviai dalyvavo pogrindžio kunigų seminarijos ir pogrindžio spaudos leidimo darbe, darbavosi parapijose, misionieriavo įvairiose Sovietų Sąjungos regionuose. Lietuvai pradėjus laisvintis iš sovietų valdžios gniaužtų, Lietuvos jėzuitai oficialiai atnaujino savo veiklą; tuo metu įkurtai Lietuvos ir Latvijos jėzuitų provincijai šiuo metu priklauso per 30 narių.
XX a. Lietuvos istorijoje jėzuitai labiausiai nusipelnė Kauno ir Vilniaus gimnazijų veikla, spaudos darbu (tarpukariu leisti žurnalai „Žvaigždė“, „Žvaigždutė“, „Misijos“), aktyvia rezistencine veikla (1972–1989 m. leistą svarbiausią, KGB taip ir nesustabdytą Lietuvos pogrindžio leidinį „Lietuvos Katalikų Bažnyčios Kronika“ redagavo jėzuitai – Sigitas Tamkevičius ir Jonas Boruta), kunigų ugdymu sovietmečiu pogrindinėje seminarijoje. Vis dėlto kiekybiškai gerokai menkesnių jėzuitų pajėgų veikimo reikšmė kur kas labiau fragmentuotoje ir sekuliarizuotoje XX a. Lietuvos visuomenėje nė iš tolo neprilygo Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės laikams, savotiškam Lietuvos jėzuitų „aukso amžiui“.
XVI–XVIII a. jėzuitai Lietuvoje sėkmingai įdiegė ne vieną reikšmingą dvasinio ir kultūrinio gyvenimo naujovę. Jie pirmieji ėmė duoti dvasines pratybas (vesti rekolekcijas) ir vykdyti misijas atokiuose kaimuose, pirmieji sukūrė vidurinio ir aukštojo mokslo įstaigų (gimnazijų ir universiteto), muzikos mokymo institucijų ir vaistinių tinklus, pirmieji pradėjo statyti dramos ir baleto spektaklius, pirmieji iš Lietuvos nukeliavo į Indiją ir Kiniją. Be to, jėzuitai Lietuvoje įsteigė pirmąją observatoriją, įvedė pirmąjį akademinį matematikos kursą, parengė ir išleido pirmąją Lietuvos istoriją, pirmąjį lietuvių kalbos žodyną, pirmąjį muzikos vadovėlį, pirmuosius kalendorius ir laikraščius, taip pat išlaikė produktyviausią Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės spaustuvę. Jėzuitų misijos istorinę reikšmę Lietuvai bei jėzuitų indėlį kuriant visuomenės bendrąjį gėrį (taip pat neoficialų šių nuopelnų „valstybinį pripažinimą“) manifestuoja Briuselyje esančiame mini-Europos parke šiandienę Lietuvą reprezentuojantis Jėzaus Draugijos įkurto Vilniaus universiteto senųjų pastatų komplekso maketas.