Totorių atsiradimo Lietuvoje priežastys glaudžiai susijusios su XIII a. pradėjusia formuotis Lietuvos Didžiąja Kunigaikštyste. Daugelis pirmųjų Lietuvos totorių gyvenviečių išsidėstė šalia Vokės upės, Trakų ir Vilniaus apylinkėse. Iki šių dienų išliko Raižių, Nemėžio, Keturiasdešimt Totorių kaimuose, Vilniaus, Alytaus ir Kauno miestuose įsikūrusios totorių bendruomenės.
Apie totorių atsikėlimą į miestus mena architektūra. Nors dažniausiai girdimuose pasakojimuose apie totorius tik retkarčiais išgirstame minimą Kauno vardą, vis dėlto šis miestas slepia svarbių totorių istorijai Lietuvoje subtilybių. Ilgametis Kauno totorių bendruomenės ir Kauno musulmonų religinės bendruomenės pirmininkas Jonas Ridzvanavičius pasakoja, kad Kaune totoriams svarbi I. Kanto gatvė, iki 1930 metų vadinta Didžiąja totorių gatve, o dabartinė D. Poškos gatvė – Mažąja totorių gatve. Aplink šias vietas gyveno totorių tautybės žmonės. Miesto sienoje iš rytų pusės buvo totorių vartai, o už Karmelitų bažnyčios plytėjo totorių kapinės.
Kiekvienai savą religiją išpažįstančiai etninei grupei būtini maldos namai. Manoma, kad pirmosios mečetės LDK buvo pradėtos statyti dar XV a. Jų statymas buvo komplikuotas, dažnai reikalauta įvairių leidimų, kuriuos išduodavo Lietuvos didysis kunigaikštis ir Vilniaus vyskupija.
Lietuvos totoriai, išpažįstantys islamo tikėjimą, LDK teritorijoje statė medines puošnumu nepasižyminčias mečetes. Kaune veikusi sena mečetė sudegė 1795 m., ir Kauno totorių bendruomenė be mečetės gyveno iki 1908 m., kai turtingas totorius Aleksandras Iljasevičius nupirko hektarą žemės ir pastatė medinę mečetę bei bendruomenės namą dabartinėje mečetės teritorijoje. Toji mečetė buvo kiek toliau nuo gatvės nei dabartinė, stovinti Totorių g. ir Trakų g. kampe.
Dabartinė Kauno mečetė – vieninteliai mūriniai totorių maldos namai Lietuvoje. Šiandien, kviesdama visų tautybių musulmonus, mečetė stipriai pakitusi – jos pavidalas keitėsi kartu su Kauno totorių istorija.
Kai išaiškėjo, kad sugriuvus Rusijos imperijai sugriuvo ir Tavrijos muftiatas, tai reiškė, kad Kauno ir Raižių musulmonų bendruomenės oficialiai neegzistavo – buvo neregistruotos Lietuvos Teisingumo ministerijoje. Taigi abi parapijos veikė nelegaliai ir egzistavo dėl Lietuvos valdžios tolerancijos totoriams.
1930 m. Kauno musulmonų bendruomenės pirmininku buvo išrinktas Chalilis Janušauskas, įteisinęs abi musulmonų parapijas Raižiuose ir Kaune. Kaip tik tuo metu, minint 500-ąsias Vytauto Didžiojo mirties metines, 1930 m. Kauno musulmonų bendruomenės komitetas kreipėsi į Lietuvos Vyriausybę, prašydamas padėti pastatyti naują mečetę laikinojoje sostinėje Kaune ir taip įamžinti Lietuvos didžiojo kunigaikščio atminimą. Buvo pradėtos rinkti lėšos mečetės statybai. Pinigus aukojo Kauno, Raižių, Butrimonių totoriai, taip pat totoriai iš JAV ir Vilniaus, kuris tuo metu priklausė Lenkijai.
Pastatyta mečetė kaip veikiantys maldos namai su nedidele pertrauka veikė iki 1947 m. vasario, kai Tarybų valdžia ją uždarė antrą kartą. Metams bėgant mečetė patyrė visko – atliko sandėlio, archyvo, bibliotekos funkcijas, o galiausiai tapo niekam nebereikalinga, palikta išdaužytais ir užkaltais langais.
Sąjūdžio metai buvo palankūs ne tik Lietuvai, bet ir Kauno totorių mečetės likimui. 1990 m. totoriams buvo grąžinta mečetė, kuri priklausė M. K. Čiurlionio muziejui. Atnaujinant mečetę ir atliekant kapitalinį remontą, didžiausios pastangos buvo sutelktos tam, kad maldos namai vėl veiktų, todėl dėmesio autentikai skirta nedaug. Mečetė sumūryta iš tuščiavidurių betono blokelių, viduje ir išorėje tinkuota. Perdangą laiko metalinės sijos. Pertvaros medinės, stogas dengtas skarda, kupolai – cementinėmis čerpėmis. Mečetės planas susideda iš kvadratinės maldų patalpos ir stačiakampio tambūro, prie kurio prijungtas bokštas – minaretas. Virš minareto ir kupolo iškeltos smailės su pusmėnuliais.
Viduje yra įrengtas michrabas, pagrindinė salė vyrams ir balkonas moterims. Prie įėjimo kairėje pusėje yra kampelis ritualinėms apeigoms mirusiesiems. Prie įėjimo iš dešinės pusės įrengtos pagalbinės patalpos, greta jų – laiptai į balkoną ir minaretą. Šiandien matome visai kitokią mečetę, nei ji buvo XX a., tačiau, net ir keisdama savo pavidalą, ji išliko unikali.
Nuo 2000 m. pabaigos mečetės imamu tapo Islamo koledžo Libane absolventas, Kauno totorius Romas Jakubauskas. Jis taip pat yra ir Kauno musulmonų religinės bendruomenės pirmininkas. Pastarąjį kartą Kauno mečetės atnaujinimai buvo atlikti 2018–2019 m. Po pastarosios rekonstrukcijos išorėje ji pasikeitė mažai, tačiau interjeras buvo sumodernintas, paįvairintas rytietiškais dekoratyviniais elementais. Paskutiniai mečetės atnaujinimo darbai žymi naują etapą – maldos namai skirti ne tik totoriams, bet ir visiems islamą išpažįstantiems žmonėms.
Ženkliai sumažėjus vietinių totorių skaičiui, šiandien pagrindiniai mečetės lankytojai yra atvykėliai. Kaip pasakoja J. Ridzvanavičius, per „Bairamus“, švenčių metu mečetėje būna labai daug žmonių, o tie, kurie netelpa viduje, pasitiesia kilimukus lauke ir meldžiasi.
Projektą iš dalies remia Lietuvos kultūros taryba.