Ankstesnę Lietuvos fotografijos istorijos dalį galite skaityti čia.
1863 m. vasarį prasidėjęs sukilimas Lietuvoje apėmė visą kraštą. Fotoateljė intensyviai spausdino 6×9 cm nuotraukas, kuriose buvo vaizduojami sukilimo vadų, iniciatorių ar įkvėpėjų, Lietuvos ir Lenkijos karalių ar kitų svarbių asmenų portretai. Sukilėliai imdavo portretus su savimi į sukilimus. Netrukus generalgubernatorius įsakė uždaryti ir patikrinti visas fotografijos įmones. Vilniuje tuo metu dirbo 9 fotoateljė, visose buvo rasta gausios atsargos fotografijų, kuriose – asmenys, susiję su vykstančiu maištu. 4 iš 9 Vilniaus fotoateljė buvo uždarytos, fotografijos ir negatyvai konfiskuoti, dauguma sunaikinti. Keli fotografai buvo nubausti – G. A. Bonoldi repatrijuotas į Vakarus, A. Korzonas ištremtas į Sibirą. Panaši revizija buvo surengta ir Kaune, vėliau Telšiuose, Šiauliuose ir Panevėžyje.
Daugiau apie fotografijos sąlygas per 1863–1864 m. sukilimą skaitykite čia.
Tuomet Lietuvos fotografams buvo griežtai uždrausta fotografuoti ir platinti portretus bei įvykių nuotraukas, susijusias su sukilimu. Fotografuoti apylinkes galima buvo tik su generalgubernatoriaus leidimu, fotografų veikla buvo labai cenzūruojama. Tai itin atsiliepė Lietuvos fotografijos kūrybinėje srityje lyginant su Vakarų Europoje vykusiais procesais.
1866 m. J. Čechavičius gavo leidimą įsteigti fotoateljė Vilniaus mieste ir fotografuoti žemės ūkio, agronomijos, pramonės įrangą bei etnografijos objektus. Tais pačiais metais Aleksander Vladislav Strauss pradėjo vadovauti fotoateljė (Brzozowskio ir Napoleono Okolovo), 1880 m. įsteigė fotoateljė „Strauss & Co”. 1884 m. Stanislovas Filibertas Fleris su partneriais Vilniuje įsteigė fotoateljė. Dirbdamas Vilniaus astronomijos observatorijos fotografu Vilhelmas Zacharčikas fotografavo Vilniaus miestą ir jo apylinkes apie 1866 m. Taip pat Vilnių fotografavo Brandelis Konradas (apie 1874 m.), Johan Hiksa fotografavo Verkių dvarą nuo 1876 m. V. Zatorski nuo 1882 m. pradėjo dirbti tėvo E. Zatorskio ateljė, o nuo 1888 m. tapo fotoateljė savininku, apie 1885 m. pradėjo fotografuoti Kauno miestą ir jo apylinkes, sudarė Kauno vaizdų albumą. Paulina Mongirdaitė 1890 m. atidarė fotografijos paviljoną Palangoje.
Kūrybiškai sudėtingu laikmečiu fotografija itin pasitarnavo ir atsiskleidė mokslo srityje. 1866 m. Vilniaus universiteto Astronomijos observatorijoje buvo įrengtas antrasis pasaulyje (pirmasis buvo įrengtas Londone) heliografas, kuriuo buvo stebimas ir fotografuojamas Saulės dėmėtumas. Nuo 1864 m. dailininkas S. Petrovas pradėjo fotografuoti muziejų eksponatus. 1872 m. Aleksandras Štrausas Vilniaus imperatoriškosios medicinos draugijos pranešimams iliustruoti fotografavo ligonius. Rašytojas Povilas Višinskis, rengdamas studiją apie žemaičių antropologiją, 1896 ir 1897 m. fotografavo etnografinius vaizdus.
Fotografijos itin sėkmingą ir daug žadantį atsiradimą ir paplitimą Lietuvoje prigesino carinės valdžios priespaudos, cenzūros ir sukilimo malšinimo padariniai, tačiau tai nesustabdė kūrybiškų ir fotografija užsiimančių žmonių potencialo.