Tai vidutinio dydžio trylikos registrų instrumentas, išsiskiriantis iš kitų to laikmečio kaimo bažnyčių vargonų, nes be tipinių registrų turi net du liežuvėlinius balsus – Vox Humana (žmogaus balsas) ir Trompet (trimitas). Šie registrų ypatumai (Lietuvoje analogų neturime) bei bažnyčios geografinė vieta (netoliese teka Venta, kuria galėjo būti atplukdytos vargonų dalys) leidžia teigti, kad tai galėjo būti Kuldygos ar Ventspilio amatininkų kūrinys.
Žemalės vargonai – vieni iš paskutinių išlikusių baroko-klasicizmo kompozicijos (barokinio instrumento ir klasicistinio prospekto) vargonų Lietuvoje. Šio instrumento fasadą puošiantys gausūs tapyti augaliniai ornamentai bei jų stilistika – taip pat išskirtiniai. Jiems neprilygsta ne tik kiti šio laikotarpio vargonai, neturime ir taip dekoruotų bažnyčių altorių, sakyklų ar klausyklų. Nors šie vargonai XIX a. pabaigoje ir 1924 metais buvo remontuoti, jie išliko beveik autentiški, t. y. tokie, kokie ir buvo sukurti.
2018–2020 m. vargonus restauravo viešosios įstaigos Vargonų paveldo centras meistrai: Laimantas Kairys, Jurij Kardis, Darius Baušys, Aleksandras Čikiliovas, Aleksejus Čečenikovas, Andrius Povilionis ir stažuotojas Vladimir Tarasov, vadovaujami dr. Girėno Povilionio.